Serratus odhalil v priebehu dvoch rokov 100-tisíc nových RNA vírusov. 10-krát viac než všetkých doposiaľ známych
Pandémia koronavírusu rozvírila v posledných rokoch väčší záujem o hlbší výskum RNA vírusov. Vedci v tejto súvislosti pomocou superpočítača odhalili viac než 130-tisíc nových RNA vírusov. Predkladané zistenia len podčiarkujú fakt, aké sú naše poznatky o vírusoch stále obmedzené.
Toto ohromné množstvo novo identifikovaných vírusov získali vedci analýzou už existujúcich verejných genómových databáz. Vytvorili supervýkonný počítačový systém Serratus, ktorý v spojení s cloudovým úložiskom platformy Amazon Web Services (AWS) dokáže analyzovať obrovské množstvo dát. V tomto prípade vedci predložili Serratu na zhodnotenie miliónov gigabytov sekvencií z 5,7 milióna biologických vzoriek nazbieraných v uplynulých 15 rokoch z rôznych druhov prostredia.
Výsledný počet 130 000 novoobjavených RNA vírusov (ako napríklad SARS-CoV-2) je desaťkrát vyšší než počet doposiaľ opísaných RNA vírusov. Na výskume spolupracoval rozsiahly tím vedcov z Institute for Plant Molecular and Cellular Biology (IBMCP), Universitat Politècnica de València (UPV) a Spanish National Research Council (CSIC).
Podrobné skúmanie jednotlivých čeľadí vírusov viedlo k zisteniu, že viac než 30 nových druhov koronavírusov, ktoré sa vyskytujú okrem iného pri rybách a obojživelníkoch, vykazujú znaky, ktoré neboli doposiaľ pri žiadnom známom koronavíruse opísané.
Systém Serratus tiež analyzoval pôvodcu ľudskej hepatitídy D, tzv. vírus Delta, pri ktorom vedci nepoznajú presný pôvod. Vďaka získaným poznatkom mohli vedci detegovať podobné vírusy pri cicavcoch, iných stavovcoch, ale dokonca aj bezstavovcoch. Je prekvapivé, že tieto vírusy boli nájdené takisto vo vzorkách pochádzajúcich z jazier a pôd z celého sveta a ich hostitelia sú zatiaľ neznámi.
Ďalším zaujímavým zistením bolo, že vzorky s vírusmi hepatitídy B obsahovali nové vírusové formy s veľmi kompaktným genómom veľkosti len 300 báz. Tento objav by mohol nájsť chýbajúci evolučný článok medzi ľudskými vírusmi a viroidmi vyskytujúci sa pri rastlinách.
Prístupný Serratus
Databáza všetkých vírusov zistených nástrojom Serratus je voľne dostupná na adrese http://www.serratus.io. Táto unikátna databáza je bohatým zdrojom informácií a poskytuje ucelený prehľad o tom, aká rozsiahla je vírusová diverzita.
(svat)
Zdroj: More than 100,000 Unknown Viruses have been Discovered Using a New Computer Tool. Digital Health News. 2. 2. 2022. Dostupné na https://www.digitalhealthnews.eu/index.php?option=com_content&view=article&id=6623:more-than-100-000-unknown-viruses-have-been-discovered-using-a-new-computer-tool&catid=164:research.
Foto: Pixabay.com
