Vyšetrenie črevnej mikroflóry u diabetikov 1. a 2. typu pomocousekvenovania 16 S podjednotky ribozomálnej RNA
Špecifické zloženie gastrointestinálnej mikroflóry sa z veľkej miery podieľa na udržaní homeostázy ľudského organizmu. Narušenie mikrobiálneho zloženia, najmä v hrubom čreve, hrá rolu v etiopatogenéze zápalových črevných ochorení, alergií a chorôb imunitného systému.
Úvod
Črevná mikroflóra je považovaná za jeden z enviromentálnych faktorov podieľajúcich sa na vzniku diabetu. Štúdie preukázali rozdielne zloženie črevnej mikroflóry u zdravých jedincov oproti pacientom s diabetom mellitus 1. typu (T1DM), u ktorých bola nájdená znížená rôznorodosť zastúpených bakteriálnych kmeňov. Ďalším faktorom, ktorý je pravdepodobne zapojený do vzniku diabetu mellitus 2. typu (T2DM), je črevná permeabilita. Permeabilita čreva je ovplyvnená redukciou výskytu črevných baktérií, ktoré produkujú mastné kyseliny s krátkym reťazcom. (SCFAs). Ich znížené zastúpenie vedie k tzv. metabolickej endoxémii. Presun živých baktérií z črevného lúmenu do tkanív hostiteľa spôsobuje metabolickú bakterémiu. Oba javy sú spojené s chronickým zápalom. Je zrejmé, že dôkladná znalosť a eventuálna modifikácia črevného mikrobiálneho profilu diabetikov by mohla ovplyvniť rozvoj choroby a jej priebeh. Pretože až 60 % bakteriálnych kmeňov nie je možné jednoducho kultivovať, využíva sa na molekulárny taxonomický a fylogenetický výskum stanovenia nukleotidovej sekvencie gén kódujúci 16 S podjednotku ribozomálnej RNA, ktorá tvorí zložku menšej 30 S podjednotky ribozómu prokaryot.
Štúdia
Cieľom štúdie publikovanej v roku 2018 bolo určiť kvantitatívne a kvalitatívne zloženie črevnej flóry u dospelých pacientov s T1DM a T2DM a zistiť asociáciu s vybranými klinickými a mikrobiologickými parametrami.Účastníci štúdie boli rozdelení do 3 skupín: zdraví dobrovoľníci (n = 23), pacienti s T1DM (n = 22) a pacienti sT2DM (n = 23). Sekvenovanie DNA zo vzoriek stolice pomocou NGS (next-generation sequencing) bolo vykonané s použitím platformy MiSeq. Pri hodnotení vzoriek stolice na úrovni bakteriálnych kmeňov (phylum) prevládali vo všetkých 3 vyšetrovaných skupinách baktérie Firmicutes (> 77 %). Na taxonomickej úrovni L2 (phylum) a L6 (genus) boli nájdené signifikantné rozdiely v bakteriálnych profiloch najmä u pacientov s T2DM. Títo pacienti mali signifikantne zvýšený pomer Firmicutes/Bacteroidetes a mali najvyššie zastúpenie kmeňa Akkermansia. Zloženie črevnej mikroflóry pacientov s T1DM sa signifikantne nelíšilo od zdravých kontrol. Negatívna korelácia medzi niektorými bakteriálnymi kmeňmi (Faecalibacterium) a percentom glykovaného hemoglobínu A1c bola nájdená v skupine s T2D. U pacientov s DM bola preukázaná pozitívna korelácia medzi baktériami kmeňa Bifidobacterium a vysokodenzitným lipoproteínom (HDL).
Záver
Autori štúdie potvrdili existujúce rozdiely v zložení črevného mikrobiómu zdravých osôb a pacientov s oboma typmi diabetu. Pre podrobné vyšetrenie črevnej mikroflóry je vhodnou a rýchlou metódou sekvenovania ribozomálnej RNA.
(amo)
Zdroj: Salamon D. et al. Characteristics of gut microbiota in adult patients with type 1 and type 2 diabetes based on next-generation sequencing of the 16S rRNA gene fragment. Pol Arch Intern Med. 2018 Jun 30; 128(6): 336 – 343. Dostupné na https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29657308.
