Serratus odhalil během dvou let 100 tisíc nových RNA virů. 10krát víc než všech doposud známých
Pandemie koronaviru rozvířila v posledních letech větší zájem o hlubší výzkum RNA virů. Vědci v této souvislosti odhalili pomocí superpočítače více než 130 tisíc nových RNA virů. Předkládaná zjištění jen podtrhují fakt, jak jsou naše poznatky o virech stále omezené.
Toto ohromné množství nově identifikovaných virů získali vědci analýzou již existujících veřejných genomových databází. Vytvořili supervýkonný počítačový systém Serratus, který ve spojení s cloudovým úložištěm platformy Amazon Web Services (AWS) dokáže analyzovat obrovské množství dat. V tomto případě vědci předložili Serratu ke zhodnocení miliony gigabytů sekvencí z 5,7 milionu biologických vzorků nasbíraných v uplynulých 15 letech v různých druzích prostředí.
Výsledný počet 130 000 nově objevených RNA virů (jako například SARS-CoV-2) je desetkrát vyšší než počet dosud popsaných RNA virů. Na výzkumu spolupracoval rozsáhlý tým vědců z Institute for Plant Molecular and Cellular Biology (IBMCP), Universitat Politècnica de València (UPV) a Spanish National Research Council (CSIC).
Podrobné zkoumání jednotlivých čeledí virů vedlo ke zjištění, že více než 30 nových druhů koronavirů, které se vyskytují mimo jiné u ryb a obojživelníků, vykazují znaky, které nebyly doposud u žádného známého koronaviru popsány.
Systém Serratus také analyzoval původce lidské hepatitidy D, tzv. virus delta, u kterého vědci neznají přesný původ. Díky získaným poznatkům mohli vědci detekovat podobné viry u savců, jiných obratlovců, ale dokonce i u bezobratlých. Je překvapivé, že tyto viry byly nalezeny rovněž ve vzorcích pocházejících z jezer a půd z celého světa a jejich hostitelé jsou prozatím neznámí.
Dalším zajímavým zjištěním bylo, že vzorky s viry hepatitidy B obsahovaly nové virové formy s velmi kompaktním genomem o velikosti pouhých 300 bází. Tento objev by mohl najít chybějící evoluční článek mezi lidskými viry a viroidy vyskytujícími se u rostlin.
Přístupný Serratus
Databáze všech virů zjištěných nástrojem Serratus je volně dostupná na adrese http://www.serratus.io. Tato unikátní databáze je bohatým zdrojem informací a poskytuje ucelený přehled o tom, jak rozsáhlá je virová diverzita.
(svat)
Zdroj: More than 100,000 Unknown Viruses have been Discovered Using a New Computer Tool. Digital Health News. 2. 2. 2022. Dostupné na https://www.digitalhealthnews.eu/index.php?option=com_content&view=article&id=6623:more-than-100-000-unknown-viruses-have-been-discovered-using-a-new-computer-tool&catid=164:research.
Foto: Pixabay.com
